Respondiendo a nuevas formas de abordar la enseñanza musical y para ampliar el alcance social y territorial, se creó el SINEM el 31 de mayo del 2007, bajo la administración del Presidente de la República Óscar Arias Sánchez, y siendo Ministra de Cultura y Juventud, María Elena Carballo Castegnaro y el señor Ricardo Vargas González, quien fue el primer Director General del SiNEM.

El objetivo fue descentralizar la cultura concentrada, hasta ese momento, en la Gran Área Metropolitana, para brindar acceso a los habitantes de comunidades del país sin acceso a la formación musical, sobre todo aquellos en condiciones de riesgo social. La institución se constituyó mediante la Ley de Creación del Sistema Nacional de Educación Musical N°8894, publicada en el diario oficial La Gaceta N°243 del 15 de diciembre del 2010.

En su artículo 1, la Ley establece: “Créase el Sistema Nacional de Educación Musical (SiNEM) como un órgano de desconcentración mínima del Ministerio de Cultura, Juventud y Deportes, con personalidad jurídica instrumental, encargado de promover la creación y el desarrollo de escuelas de música, programas de orquesta y programas especiales de promoción de la música en todo el país.” Dos años antes, el 24 de abril de 2008, se hacía la entrega oficial de los primeros 500 instrumentos, se adquirieron otro tanto con una inversión cercana a un millón de dólares, y en la escuelas inauguradas se matricularon 1250 alumnos.

La estructura organizacional del SiNEM está avalada por MIDEPLAN y su última actualización se realizó mediante oficio DM-106-18 del 6 de marzo de 2018.